目  录

第一篇 理论篇

  一、中药资源转录组概述

    (一)转录组的研究目标

    (二)转录组的研究方法

    (三)中药资源转录组研究现状

    (四)中药资源转录组研究展望

  二、同源基因功能分化与活性成分变异机制

    (一)同源基因的正确注释是研究药用植物活性成分

  变异的重要前提

    (二)重复基因的功能分化是形成药用植物活性成分

  变异的基础

    (三)药用植物基因功能分化决定其活性成分的变异

  三、功能性EST—SSR标记

    (一)功能性EST～SSR的基本概念

    (二)功能性EST—SSR的开发流程

    (三)功能EST—SSR的优势

    (四)功能性EST—SSR标记在中药资源中的应用

    (五)药用植物功能性EST—SSR标记展望

第二篇 技术篇

  一、转录组数据的组装

  实验一样品收集与保存

  实验二RNA提取

  实验三mRNA分离纯化

  实验四Solexa文库制备

  实验五上机测序

  实验六转录组数据组装

  实验七转录组数据功能注释

  二、基因克隆及表达分析

  实验八基因克隆

  实验九基因表达分析

  实验十共表达分析

  三、数据库使用及生物信息学分析

  实验十一核酸数据库及其使用

  实验十二蛋白质数据库及其使用

  实验十三代谢数据库及其使用

  实验十四文献数据库及其使用

  实验十五NCBI序列数据的提交

  实验十六多序列对位排列分析

  实验十七系统发育分析

  实验十八核酸序列的分析和转换

  实验十九基因开放阅读框预测

  实验二十蛋白质理化性质预测

  实验二十一蛋白质亚细胞定位信号预测

  实验二十二蛋白质信号肽和跨膜结构域预测

  实验二十三蛋白质二级结构和三级结构预测

  四、SSR标记开发

  实验二十四SSR位点开发

  实验二十五SSR引物设计

  实验二十六基因组DNA提取

  实验二十七琼脂糖凝胶电泳

  实验二十八非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳

  实验二十九SSR数据统计

  实验三十SSR数据分析